1471년(성종 2) 봄에 덕종의 아내이자 성종의 어머니인 인수대비(仁粹大妃)가 절을 급하게 지어 재목이 좋지 못하다는 이유로 내시부를 시켜 중창하게 했고 내수사에서 쌀과 베를 내어 경비를 후원했다. 2월에 시작하여 10월에 총 119칸의 중창 불사를 완료했는데, 노역에 삯을 주도록 하여 민인들이 앞다투어 공사에 참여했다고 한다. 불사의 주관은 설준(雪峻)이 담당했는데 법당 중창부터 세부 절차까지 조금도 어그러짐이 없이 진행되었다. 단청의 아름다움이 뛰어나 세조의 능침사인 봉선사(奉先寺)와 그 아름다움이 쌍벽을 이루었다고 한다. 1472년 4월 초파일에 중창 불사의 완성을 기념하는 낙성 법회를 크게 열었는데, 이때 오색구름이 일고 향기가 절 주위에 가득했으며 상서로운 기운이 하늘로 뻗쳤다. 인수대비는 사찰 운영을 위해 미곡 100섬을 시주했고, 성종도 교지를 내려 이 절 승려들의 잡역을 면제해 주었다. 이후 사찰의 역사와 구체적 상황은 알려져 있지 않으며 조선 후기에는 유명무실한 상태가 된 것으로 보인다.